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探坑發掘方法主要以人力進行考古發掘作業,採用人工層位法並觀察自然層位之現象。
依卑南遺址規劃之全區考古發掘方格系統,即目前卑南文化公園考古發掘現場的方格系統(也是過去月形石柱區使用之系統)。
考古方格系統每個單位是5m×5m,編號方式東西向為T軸、南北向為P軸,例如原點西方25公尺、北方55公尺之探坑編號即為T05P11; 然每個探坑再依其方位分為NE、NW、SE、SW等4個2.5m×2.5m小坑,此為進行考古發掘作業之主要基本單位。